Valahol egy kicsi ausztráliai szigetcsoportban a gonosz tudós, Dr. Neo Cortex, erszényeseket kap el a természetes élőhelyeikből, hogy létre hozzon egy sereg szuper állatot. Szándékában áll bezárni mindazokat, akik nevettek az ötletein. Megkérte Dr. Nitrus Brio segítségét, aki egy úgymond barát, de egyben egy versenytársa is volt Cortex-nek. Brio létrehozta az első teljesen funkcionális Evolvo-Rayt, egy gépet, ami az állatoknak intelligenciát és emberekhez hasonló tulajdonságokat ad. A gépezet használata után az utolsó lépésképp az állatot a Cortex Vortex-be teszik melyet maga Cortex készített. Cortex először erszényeseket próbál meg átállítani az ő oldalára. Ezek közepette az erszényesek közepette van Crash, egy keleti Barred Bandicoot, akivel Cortex-nek az a célja, hogy serege vezetője legyen. Az Evolvo-Ray teljesen jól működött Crash-en, de a Cortex Vortex visszautasította Crash-t a kedves természete miatt. Mielőtt elfogták őket és elvitték a kastélyba Crash megismerkedett egy nőstény bandicoot-tal akit Tawna-nak hívtak. Crash megfogadta, hogy bármi áron, de visszaszerzi szerelmét még akkor is, ha magával a gonosszal kell szembenéznie. Crash immár egy tengeren sodródik tudatlanul míg nem egy szigethez ér melynek neve N. Sanity Island. A szigetet és az egész szigetcsoportot Aku Aku az egykori ördögűzőszelleme védi. Mikor Aku megtudja, hogy Crash itt van, hogy megállítsa Cortex-et és a gonoszságot Aku úgy dönt, hogy segít neki. Így ketten nekivágtak és ezzel kezdetét vették a tudós és teremtménye közti harcok.