Miután Crash Bandicoot legutóbb legyőzte Dr. Neo Cortex-t, Neo légjajója lezuhan. A léghajó egy darabja és Cortex egy elhagyatott barlangban kötnek ki. Miután Cortex meggyújt egy szál gyufát, hogy lásson valamit meglát maga előtt egy hatalmas lila kristályt. Ezzel Cortex kiagyal egy újabb gonosz tervet és közben mániákusan nevet...Egy év múlva. Cortex épített egy térbeli Cortex Vortexet. E közben Cortex megvitatja legújabb tervét gonosz robotszakértő segédjével Dr. N-Gin-el. Azt tervezi, hogy arra használja az új Cortex Vortexet, hogy felhasználja a lila kristályt amit egy évvel ezelőtt talált meg a barlangban. Mindazonáltal egyetlen kristály nem elég a Vortex-nek. A Cortex Vorte-nek szüksége van még 25 kristályra ahhoz, hogy elérje a megfelelő energiát. Cortex azonban erre is gondolt és már meg is van a nagyszerű terve. A Földön Crash alszik míg Coco dühösen gépel a laptopján, amíg az elem elfogy. Coco felébreszti Crash-t, hogy hozzon neki új elemeket. Crash el is indul, hogy elemeket szerezzen. Mikor útjára indult nem sokkal később a teste egyszer csak eltűnik és felbukkan egy Warp Room nevű szobában. Crash ehhez egy kicsit bamba, hogy felfogja mi is történik körülötte csak annyit lát, hogy a szeme előtt Cortex horográf képe tűnik fel. Cortex beszél Crash-nek, megparancsolja neki, hogy hozza el neki az összes kristályt amiket a Warp Room egyes ajtóinak használatával szerezhet meg. Cortex ráveszi Crash-t, hogy szerezze meg neki az összes kristályt, mert a világ a tétje. E közben Coco is megpróbál Crash-el többnyire sikertelenül kommunikálni. Később egy másik holografikus kijelző megjelenik. Ekkor Dr. Nitrus Brio. Brio elmondja Crashnek, ha meg akarja menteni a világot, neki tudnia kellene, hogy a föld gyémántok, és nem a kristály. Így létre tud hozni egy lézersugarat tehetséges megsemmisítő a Cortex Vortex. Crash rájön, ha megakarja menteni a világot akkor nemcsak a kristályokat, de a gyémántokat is meg kell szereznie. Közben Coco megpróbálja Cortex jeleit befogni és így ott kommunikálni Crash-el.