Cortex felrobbantott űrhajójának egy darabja lezuhant a földre, pont egy ősi lezárt templomra, ahol eddig Aku Aku gonosz ikertestvére, Uka Uka raboskodott. A gonosz maszk felkeresi Cortexet. Uka Uka varázserejével, Cortex technikai hátterével, és Dr. N Tropy hatalmával az idő felett, megalkotják a tér-idő gépet, hogy megszerezzék az időben szétszóródott kristályokat. Ebben a játékban is a Warp Room-os rendszer működik. Itt már végre megjelennek a relic-ek is, amiket úgy nyerhetünk meg, ha egy bizonyos időn belül végigrohanunk a pályán. A játékban a főellenségek után különleges képességeket kapunk. Tiny Tiger után a "hasraesés" fog egy kis lökéshullámot generálni, Dingodile után kettős ugrásunk lesz, N. Tropy után hosszabb pörgést kapunk amivel lassabban zuhanunk ezáltal áthidalhatunk nagyobb akadályokat, N. Gin után kapunk egy páncélöklöt ami wumpa gyümölcsöket lő, és végül, de nem utolsósorban N. Cortex után gyors futás képességünk lesz ami nagyban megkönnyíti a relic-ek megszerzését. Crash összeszedi a kristályokat, gyémántokat és relics-eket, legyőzi Cortexet és csatlósait. Tropy időgépe elromlik, és hármukat (Cortex, Tropy, Uka Uka) visszaküldi az őskorba.